Sektor za poreze Uprave za neizravno oporezivanje druga je po veličini organizacijska cjelina unutar UNO i uz pomoć svih ostalih sektora Uprave bio je nositelj aktivnosti vezanih za uvođenje novog sustava oporezivanja, odnosno PDV-a.
Samo godinu i pol od uspostave institucije, UNO je  01.07.2005. ušla u završnu fazu priprema za uvođenje PDV-a i počela s registracijom poreznih obveznika. Prema podatcima entitetskih poreznih uprava očekivalo se 20.000 poreznih obveznika, do danas je UNO registrirala više od 45.000 obveznika PDV-a. 01.01.2006. primjena PDV-a počela je bez ijedne tehničke poteškoće.
Sektor za poreze danas uspješno upravlja procesima naplate i povrata poreza na dodanu vrijednost, te naplate trošarina.
Mjesec dana prije uvođenja PDV-a građanima je na raspolagane stavljena besplatna PDV info linija koja je nakon četiri mjeseca i više tisuća primljenih poziva zamijenjena stalnim PDV info brojevima +387 51 335 256 i +387 51 335 257 koji su svakim radnim danom na raspolaganju PDV obveznicima za pomoć, savjet ili informaciju više. Ovi otvoreni telefoni su jedno od sredstava preko kojih Uprava obavlja svoju edukativnu i savjetodavnu ulogu.

Dinko Ćorluka, diplomirani ekonomista pomoćnik direktora Sektor za poreze

Od prvog obračunskog perioda do sada Sektor za poreze stalno bilježi odaziv od 97% PDV obveznika koji PDV prijave podnose na vrijeme. Razlog ovako visokom odazivu je svakako i činjenica da službenici Sektora za poreze PDV prijave za više od 45 000 PDV obveznika svaki mjesec dostavljaju na adresu njihovih poduzeća, da se prijave također mogu podići u regionalnim centrima ili preuzeti s ove web stranice. Tvrtkama je na ovoj stranici također dostupna baza podataka PDV obveznika kao i opcija provjere vlastite PDV prijave.       
Odgovornosti Sektora su priprema zakonskih i podzakonskih akata iz svog djelokruga rada, izrada operativnih uputa za rad na terenu, kontrola obračuna i naplate PDV-a i trošarina. Cilj Sektora je stvaranje efikasne službe za porezne obveznike i stalno unaprjeđenje kvalitete pruženih usluga.

Unutarnje organizacijske jedinice Sektora su: Odsjek za pružanje usluga poreznim obveznicima, Odsjek za reviziju i kontrolu, Odsjek za kontrolu velikih poreznih obveznika i Odsjek za obradu poreznih prijava.

Shematski prikaz organizacijske strukture Sektora za poreze UNO BiH

2004. godinu obilježilo je spajanje carinskih administracija i prijenos ovlasti a Uprava je kao jedinstvena cjelina stvarno počela funkcionirati na cijelom teritoriju BiH od 01.01.2005. godine. Samo godinu i pol kasnije UNO je počela s registracijom PDV obveznika što je predstavljalo završnu fazu priprema za uvođenje PDV-a. U najkraćem mogućem roku UNO je izvršila vrlo uspješno uvođenje novog poreznog sustava što je od strane relevantnih međunarodnih institucija ocijenjeno kao jedan od ključnih koraka za uspostavu jedinstvenog ekonomskog prostora, smanjenje sive ekonomije, poticanje stranih ulaganja i smanjenje vanjskotrgovinskog deficita.