Сектор за порезе Управе за индиректно опорезивање друга је по величини организациона цјелина унутар УИО и уз помоћ свих осталих сектора Управе био је носилац активности везаних за увођење новог система опорезивања, односно ПДВ-а.
Само годину и по од успостављања институције, УИО је  01.07.2005. ушла у завршну фазу припрема за увођење ПДВ-а и почела с регистрацијом пореских обвезника. Према подацима ентитетских пореских управа очекивало се 20.000 пореских обвезника, до данас је УИО регистровала више од 45.000 обвезника ПДВ-а. 01.01.2006. примјена ПДВ-а почела је без иједне техничке тешкоће.
Сектор за порезе данас успјешно управља процесима наплате и поврата пореза на додату вриједност, те наплате акциза.
Мјесец дана прије увођења ПДВ-а грађанима је на располагане стављена бесплатна ПДВ инфо линија која је након четири мјесеца и више хиљада примљених позива замијењена сталним ПДВ инфо бројевима +387 51 335 256 и +387 51 335 257 који су сваким радним даном на располагању ПДВ обвезницима за помоћ, савјет или информацију више. Ови отворени телефони су једно од средстава преко којих Управа обавља своју едукативну и савјетодавну улогу.   

мр Динко Ћорлука помоћник директора Сектор за порезе

Од првог обрачунског периода до сада Сектор за порезе стално биљежи одазив од 97% ПДВ обвезника који ПДВ пријаве подносе на вријеме. Разлог овако високом одазиву је свакако и чињеница да службеници Сектора за порезе ПДВ пријаве за више од 45 000 ПДВ обвезника сваки мјесец достављају на адресу њихових предузећа, да се пријаве такође могу подићи у регионалним центрима или преузети с ове web странице. Предузећима је на овој страници такође доступна база података ПДВ обвезника као и опција провјере властите ПДВ пријаве.       
Одговорности Сектора су припрема законских и подзаконских аката из свог подручја дјеловања, израда оперативних упутстава за рад на терену, контрола обрачуна и наплате ПДВ-а и акциза. Циљ Сектора је стварање ефикасне службе за пореске обвезнике и стално унапређење квалитете пружених услуга.

Унутрашње организационе јединице Сектора су: Одсјек за пружање услуга пореским обвезницима, Одсјек за ревизију и контролу, Одсјек за контролу великих пореских обвезника и Одсјек за обраду пореских пријава.

2004. годину обиљежило је спајање царинских администрација и пренос овлшћења а Управа је као јединствена цјелина стварно почела функционисати на цијелом територију БиХ од 01.01.2005. године. Само годину и по касније УИО је почела с регистрацијом ПДВ обвезника што је представљало завршну фазу припрема за увођење ПДВ-а. У најкраћем могућем року УИО је извршила врло успјешно увођење новог пореског система што је од стране релевантних међународних институција оцијењено као један од кључних корака за успостављање јединственог економског простора, смањење сиве економије, потицање страних улагања и смањење спољнотрговинског дефицита.