Сектор за царине Управе за индиректно опорезивање чини заправо царинску службу Босне и Херцеговине. По броју запослених Сектор за царине је највећа организациона цјелина УИО. Одговорности службеника овог сектора су спровођење царинских, спољотрговинских, девизних и других прописа из области царинске политике БиХ.
Службеници овога Сектора обављају увозне и извозне процедуре на 40 путних граничних прелаза, 30 царинских испостава, 4 гранична прелаза на аеродромима, 3 поштанска гранична прелаза и 8 жељезничких, те врше царинске процедуре у 4 слободне зоне. Рад на терену координише се из Средишњег уреда УИО, те четири регионална центра.
Службеници Сектора задужени су за наплату свих царинских дажбина, акциза на увозне производе, путарина, као и за обрачун и наплату ПДВ-а при увозу. Уз наплату дажбина, Сектор за царине, у сарадњи с другим институцијама и инспекцијским службама, сноси велики дио одговорности за безбједност грађана БиХ.
Одговорност за квалитет и исправност роба коју службеници Сектора дијеле с инспекцијским службама, спречавање уноса забрањених роба и супстанци, као и спречавање илегалног кретања роба и људи на попису су одговорности овога дијела службенка УИО.

Здравко Цвјетиновић, дипломирани економиста помоћник директора Сектор за царине

Унутрашње организационе јединице Сектора за царине су: Одсјек за тарифу и вриједност, Одсјек за процедуре и Одјсек за контролу.