Sektor za poreze Uprave za indirektno oporezivanje druga je po veličini organizaciona cjelina unutar UIO i uz pomoć svih ostalih sektora Uprave bio je nosilac aktivnosti vezanih za uvođenje novog sistema oporezivanja, odnosno PDV-a.
Samo godinu i po od uspostave institucije, UIO je  01.07.2005. ušla u završnu fazu priprema za uvođenje PDV-a i počela s registracijom poreznih obveznika. Prema podacima entitetskih poreznih uprava očekivalo se 20.000 poreznih obveznika, do danas je UIO registrirala više od 45.000 obveznika PDV-a. 01.01.2006. primjena PDV-a počela je bez ijedne tehničke poteškoće.
Sektor za poreze danas uspješno upravlja procesima naplate i povrata poreza na dodatu vrijednost, te naplate akciza.
Mjesec dana prije uvođenja PDV-a građanima je na raspolagane stavljena besplatna PDV info linija koja je nakon četiri mjeseca i više hiljada primljenih poziva zamijenjena stalnim PDV info brojevima +387 51 335 256 i +387 51 335 257 koji su svakim radnim danom na raspolaganju PDV obveznicima za pomoć, savjet ili informaciju više. Ovi otvoreni telefoni su jedno od sredstava preko kojih Uprava obavlja svoju edukativnu i savjetodavnu ulogu.   

mr. sc. Dinko Ćorluka pomoćnik direktora Sektor za poreze

Od prvog obračunskog perioda do sada Sektor za poreze stalno bilježi odaziv od 97% PDV obveznika koji PDV prijave podnose na vrijeme. Razlog ovako visokom odazivu je svakako i činjenica da službenici Sektora za poreze PDV prijave za više od 45 000 PDV obveznika svaki mjesec dostavljaju na adresu njihovih poduzeća, da se prijave također mogu podići u regionalnim centrima ili preuzeti s ove web stranice. Preduzećima je na ovoj stranici također dostupna baza podataka PDV obveznika kao i opcija provjere vlastite PDV prijave.
Odgovornosti Sektora su priprema zakonskih i podzakonskih akata iz svog djelokruga rada, izrada operativnih uputstava za rad na terenu, kontrola obračuna i naplate PDV-a i akciza. Cilj Sektora je stvaranje efikasne službe za porezne obveznike i stalno unaprjeđenje kvalitete pruženih usluga.

Unutrašnje organizacione jedinice Sektora su: Odsjek za pružanje usluga poreznim obveznicima, Odsjek za reviziju i kontrolu, Odsjek za kontrolu velikih poreznih obveznika i Odsjek za obradu poreznih prijava.

2004. godinu obilježilo je spajanje carinskih administracija i prijenos ovlasti a Uprava je kao jedinstvena cjelina stvarno počela funkcionirati na cijelom teritoriju BiH od 01.01.2005. godine. Samo godinu i po kasnije UIO je počela s registracijom PDV obveznika što je predstavljalo završnu fazu priprema za uvođenje PDV-a. U najkraćem mogućem roku UIO je izvršila vrlo uspješno uvođenje novog poreznog sistema što je od strane relevantnih međunarodnih institucija ocijenjeno kao jedan od ključnih koraka za uspostavljanje jedinstvenog ekonomskog prostora, smanjenje sive ekonomije, poticanje stranih ulaganja i smanjenje vanjskotrgovinskog deficita.