Sektor za carine Uprave za indirektno oporezivanje čini zapravo carinsku službu Bosne i Hercegovine. Po broju uposlenih Sektor za carine je najveća organizaciona cjelina UIO. Odgovornosti službenika ovog Sektora su provedba carinskih, vanjskotrgovinskih, deviznih i drugih propisa iz oblasti carinske politike BiH.
Službenici ovoga Sektora obavljaju uvozne i izvozne procedure na 40 putnih graničnih prijelaza, 30 carinskih ispostava, 4 granična prijelaza na aerodromima, 3 poštanska granična prijelaza i 8 željezničkih, te vrše carinske procedure u 4 slobodne zone. Rad na terenu koordinira se iz Središnjeg ureda UIO, te četiri regionalna centra.
Službenici Sektora zaduženi su za naplatu svih carinskih dažbina, akciza na uvozne proizvode, putarina, kao i za obračun i naplatu PDV-a pri uvozu. Uz naplatu dažbina, Sektor za carine, u saradnji s drugim institucijama i inspekcijskim službama, snosi veliki dio odgovornosti za sigurnost građana BiH.
Odgovornost za kvalitet i ispravnost roba koju službenici Sektora dijele s inspekcijskim službama, sprječavanje unosa zabranjenih roba i supstanci, kao i sprječavanje ilegalnog kretanja roba i ljudi na popisu su odgovornosti ovoga dijela službenka UIO.

Bogdan Novaković, diplomirani ekonomista Pomoćnik direktora Sektor za carine

Unutrašnje organizacione jedinice Sektora za carine su: Odsjek za tarifu i vrijednost, Odsjek za procedure i Odsjek za kontrolu.

Šematski prikaz organizacione strukture Sektora za carine UIO BiH